Die Expertenkommission spricht sich dafür aus, die steuerliche FuE-Förderung als Steuergutschrift auf die FuE-Personalaufwendungen auszugestalten, die mit der Lohnsteuer verrechnet wird. Diese Variante entfaltet eine besonders schnelle Liquiditätswirkung. Alternativ hierzu wäre auch eine Steuergutschrift im Rahmen der Ertragsbesteuerung der Unternehmen möglich, die sich aus der Höhe der FuE-Aufwendungen berechnen würde. Im letztgenannten Fall sollte eine Umwandlung der Steuergutschrift in eine Direktauszahlung erfolgen, wenn das Unternehmen keine Steuerschuld aufweist.
Bezüglich der Kosten für diese indirekte steuerliche Förderung weist der Vorsitzende der Experten-kommission erneut darauf hin, dass "die vorliegenden Studien zeigen, dass jedem Euro Steuermindereinnahmen im Mittel zusätzlich mobilisierte private FuE-Aufwendungen von 1,33 Euro als positive Wirkungen gegenüberstehen". Mittelfristig, so die Expertenkommission, dürften zudem Steuermehreinnahmen zu erwarten sein, die die Steuermindereinnahmen überkompensieren.